История Магаданэнерго началась в 1966 году с приказа Министерства энергетики и электрификации СССР №156. Перед предприятием стояла непростая задача – развивать энергетику в регионе, изолированном от общей энергосистемы страны. Сегодня Магаданэнерго – это не только производство электрической и тепловой энергии. Это комплексная система, которая реализует энергетический функционал полного цикла, от генерации до доставки конечному потребителю. В составе компании десять филиалов и одно дочернее общество.
Территория обслуживания Магаданэнерго – около 500 тыс. км2. В составе энергообъектов две тепловые электростанции – Магаданская ТЭЦ и Аркагалинская ГРЭС, более 200 подстанций и 6 тыс. км линий электропередачи.
Магаданэнерго поддерживает бесперебойную работу магистральных сетей и обеспечивает электричеством дома, предприятия и социальные объекты Магаданской области и отдаленных уголков Оймяконского улуса Якутии. Кроме того, компания предоставляет спектр сопутствующих услуг, в том числе производство и распределение горячей воды, поддержание работоспособности котельных и тепловых сетей.
Вечная мерзлота, пронизывающие ветра, снежные заносы, перепады температур от летних +40 °C до зимних –60 °C, непроходимые болота, горная местность, бездорожье, бурные разливы рек и угроза схода лавин – все это повседневная реальность для трехтысячного коллектива энергетиков Магаданэнерго, высокопрофессионального и сплоченного. В таких условиях каждый выход на линию, каждый ремонт, каждая проверка становятся испытанием на прочность.
Компания продолжает развиваться, внедрять новые технологии и, главное, оставаться надежным партнером для всех, кто живет и работает на этой суровой, но прекрасной колымской земле.
Создано РЭУ «Магаданэнерго» с прямым подчинением Министерству энергетики и электрификации СССР. Построены Аркагалинская ГРЭС, Магаданская ТЭЦ, Чаунская ТЭЦ, Эгвекинотская ГРЭС, Омсукчанская РЭС, образованы электросетевые предприятия: Высоковольтные сети ЦЭУ, Магаданский район электросетей, Индигирский район высоковольтных и тепловых сетей, Чаун-Билибинские ВС. 
В Магаданской области появилась первая ЛЭП 220 кВ на металлических опорах – линия «Аркагалинская ГРЭС – Берелех».
Колымская ГЭС получила статус самостоятельного предприятия в системе Магаданэнерго, входила в него до 1993 года.
На базе Магаданэнерго создана дочерняя компания Чукотэнерго, входила в состав до 2019 года. 
Магаданэнерго вошло в состав холдинга РАО Энергетические системы Востока. 
Магаданэнерго входит в состав РусГидро.
Компания получила Гран-при регионального этапа конкурса «Российская организация высокой социальной эффективности», победив в шести из девяти номинаций. 
Компания победила в федеральном конкурсе «Российская организация высокой социальной эффективности» в номинации «За развитие кадрового потенциала в организациях производственной сферы».
Введена в эксплуатацию ЛЭП 220 кВ, соединившая две крупнейшие ГЭС Магаданской области: Колымскую и Усть-Среднеканскую. Протяженность ЛЭП – 123 км. 
Выпускники первого целевого набора Северо-Восточного государственного университета по профильным энергетическим программам получили дипломы о высшем образовании. Энергетические направления в СВГУ открыли по инициативе Магаданэнерго в 2021 году. 